Согласно п. 6.1 ст. 23 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью», Общество обязано выплатить участнику общества, подавшему заявление о выходе из общества, действительную стоимость его доли в уставном капитале общества, определяемую на основании данных бухгалтерской отчетности общества за последний отчетный период, предшествующий дню подачи заявления о выходе из общества, или с согласия этого участника общества выдать ему в натуре имущество такой же стоимости либо в случае неполной оплаты им доли в уставном капитале общества действительную стоимость оплаченной части доли.

Общество обязано выплатить участнику общества действительную стоимость его доли или части доли в уставном капитале общества либо выдать ему в натуре имущество такой же стоимости в течение трех месяцев со дня возникновения соответствующей обязанности, если иной срок или порядок выплаты действительной стоимости доли или части доли не предусмотрен уставом общества. Положения, устанавливающие иной срок или порядок выплаты действительной стоимости доли или части доли, могут быть предусмотрены уставом общества при его учреждении, при внесении изменений в устав общества по решению общего собрания участников общества, принятому всеми участниками общества единогласно.

В рассматриваемой ситуации течение срока исковой давности будет начинаться по истечении трех месяцев с даты получения заявления участника о выходе из общества, если иное не предусмотрено уставом общества.

В целях налогообложения прибыли суммы такой кредиторской задолженности, списанной в связи с истечением срока исковой давности, признаются внереализационными доходами и увеличивают налоговую базу по налогу на прибыль организаций (п. 18  ст. 250 НК РФ).

По мнению Минфина РФ, просроченная кредиторская задолженность включается в доходы в последний день того отчетного периода, в котором истекает срок исковой давности (Письмо Минфина России от 28.01.2013 N 03-03-06/1/38).

Аналогичный позицию, применительно к невыплате действительной стоимости доли, занял Минфин РФ: «Таким образом, если общество не выплатило участнику общества действительную стоимость его доли в уставном капитале, то такая действительная стоимость доли будет признаваться доходом общества для целей налогообложения в том отчетном (налоговом) периоде, в котором истек срок исковой давности по ее выплате» (Письмо Минфина РФ от 12.08.2011 N 03-03-06/1/480).

Статьей 210 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) установлено, что при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со статьей 212 Кодекса.

«Таким образом, при выходе участника из общества полученный им доход в виде действительной стоимости доли в уставном капитале общества подлежит обложению налогом на доходы физических лиц в установленном порядке». (Письмо Минфина России от 03.09.2015 N 03-04-06/50673).

В целях главы 23, по общему правилу, дата фактического получения дохода определяется как день:

• выплаты дохода, в том числе перечисления дохода на счета налогоплательщика в банках либо по его поручению на счета третьих лиц — при получении доходов в денежной форме;
• передачи доходов в натуральной форме — при получении доходов в натуральной форме;

Таким образом, при выплате участнику заниженной действительной стоимости его доли, в налоговую базу по НДФЛ будет включена только реальная сумма выплаты.

С 1 января 2016 г.  при выходе из состава участников общества налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этих имущественных прав.

При этом определен перечень расходов налогоплательщика, связанных с приобретением доли в уставном капитале общества:

— расходы в сумме денежных средств и (или) стоимости иного имущества, внесенных в качестве взноса в уставный капитал при учреждении общества или при увеличении его уставного капитала;

— расходы на приобретение или увеличение доли в уставном капитале (абз. 3 пп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ).

При отсутствии документально подтвержденных расходов на приобретение доли в уставном капитале общества имущественный налоговый вычет предоставляется в размере доходов, полученных налогоплательщиком в результате прекращения участия в обществе, не превышающем в целом 250 000 рублей за налоговый период (абз. 6 пп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ).