Раздельный учет при экспорте ориентирован не на решение задачи: включить НДС в вычеты или в расходы, а на решение задачи: сколько восстановить НДС принятого ранее к вычету, в период отгрузки продукции (товаров) на экспорт и сколько его включить в вычеты при подтверждении экспорта.

Реальную сложность такой учет представляет для производственных предприятий — сколько пошло ресурсов на производство отгруженной экспортной продукции — можно определить только косвенным путем, посредством расчетов. И не все эти ресурсы были закуплены  с НДС.

Если бы НК РФ не предусматривал восстановление НДС при отгрузке на экспорт, то раздельный учет в такой ситуации был бы не нужен.

При подтверждении/ неподтверждении экспорта также возникает проблема определения НДС, относящегося к этим операциям для правильного включения в нужный период в нужной сумме (период подтверждения/период отгрузки).

Правила учета НДС, относящегося к экспортным операциям, налогоплательщик формирует самостоятельно и фиксирует в учетной политике.

Очевидно, что правило 5 %, относящееся к распределению входящего НДС  между вычетами и расходами, к распределению НДС по периоду его включения в вычеты, отношения иметь не может.

Для торговых организаций, как правило, учет проще, поскольку восстанавливать приходиться только НДС, напрямую относящийся к отгруженным товарам. И до момента возникновения права на его включения в вычеты, он, действительно, должен учитываться отдельно от другого НДС, но в привязке к конкретным товарам. В этом смысле такой учет, действительно, можно называть раздельным. Но он не более раздельный, чем любой другой аналитический учет.