Налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей обложению ЕНВД, иные виды предпринимательской деятельности, обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей обложению ЕНВД, и предпринимательской деятельности, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения (п. 7 ст. 346.26 НК РФ). Организация, осуществляющая предпринимательскую деятельность, в отношении которой она является плательщиком ЕНВД, при реализации принадлежащего ей имущества обязана исчислять налог на прибыль и налог на добавленную стоимость, поскольку эта деятельность не облагается ЕНВД (Письмо Минфина России от 19.06.2006 N 03-11-04/3/297).

Налог на прибыль

Согласно п.1 ст.256 НК амортизируемым имуществом признается имущество, результаты интеллектуальной деятельности и иные объекты интеллектуальной собственности, которые находятся у налогоплательщика на праве собственности, используются им для извлечения дохода и стоимость которых погашается путем начисления амортизации. При использовании основных средств в ЕНВД-ой деятельности, они не используются  для извлечения дохода в смысле гл.25 НК и их стоимость не погашается начислением амортизации. Следовательно, по нашему мнению, такие основные средства не относятся к амортизируемому имуществу, а относятся к прочему имуществу.

В соответствии с пп. 2 п. 1 ст. 268 НК РФ при реализации прочего имущества налогоплательщик вправе включить в расходы цену приобретения (создания) этого имущества, а также сумму материальных расходов, указанных в абз. 2 п. 2 ст. 254 НК РФ. Возможный убыток от реализации списывается единовременно.

В соответствии с пп. 2 п. 1 ст. 268 НК РФ при реализации прочего имущества налогоплательщик вправе включить в расходы цену приобретения (создания) этого имущества, а также сумму материальных расходов, указанных в абз. 2 п. 2 ст. 254 НК РФ.

НДС

Порядок исчисления НДС зависит от того, был ли он включен в цену приобретения имущества.

Если реализуемое имущество использовалось в деятельности, переведенной на ЕНВД и приобреталось с НДС, то НДС был включен в его стоимость (пп. 1 п. 2 ст. 170 НК РФ).

Согласно п. 3 ст. 154 НК РФ при реализации имущества, подлежащего учету по стоимости с учетом уплаченного налога, налоговая база по НДС определяется как разница между ценой реализуемого имущества с учетом налога и стоимостью реализуемого имущества (остаточной стоимостью с учетом переоценок). Иными словами, при реализации имущества, плательщику ЕНВД следует исчислить НДС с разницы между его продажной ценой с учетом НДС и ценой приобретения (остаточной стоимостью по данным бухучета) на дату продажи. При этом налоговая ставка определяется расчетным методом (п. 4 ст. 164 НК РФ).

Если имущество приобреталось без НДС, то п. 3 ст. 154 НК РФ не применяется (Письмо Минфина России от 20.10.2011 N 03-07-07/62). В этом случае налоговая база по НДС будет определяться в соответствии с п. 1 ст. 154 НК РФ, то есть как стоимость реализации без учета налога.