Отражается ли в ликвидационном балансе задолженность перед участниками?

Нет. После завершения расчетов с кредиторами ликвидационная комиссия составляет ликвидационный баланс (п.6 ст.63 ГК). И только затем, на основе ликвидационного баланса, имущество, которое осталось у организации после всех расчетов с кредиторами,  распределяется между ее участниками.