В соответствии с п. 3 ст. 168 Налогового кодекса РФ при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав, а также при получении сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав выставляются соответствующие счета-фактуры не позднее пяти календарных дней считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг), со дня передачи имущественных прав или со дня получения сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.

Приказом Минфина России от 10.11.2015 N 174н утвержден Порядок выставления и получения счетов-фактур в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи с применением усиленной квалифицированной электронной подписи.

Согласно п.1.10 Порядка, датой выставления покупателю счета-фактуры в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи считается дата поступления файла счета-фактуры Оператору электронного документооборота от продавца, указанная в подтверждении этого Оператора электронного документооборота.

Итак, продавец обязан отправлять файла счета-фактуры Оператору электронного документооборота не позднее пяти календарных дней со дня отгрузки товара.

В настоящее время несвоевременное выставление счета-фактуры не несет неблагоприятных последствий.

Минфин РФ стал считать, что составление счета-фактуры по истечении пяти дней не является основанием для отказа налогоплательщику в вычете НДС (Письма от 25.01.2016 N 03-07-11/2722, от 20.02.2016 N 03-07-11/9780).